Publications 2011

Appelhans, M.S., Smets, E., Razafimandimbison, S.G., Haevermans, T., van Marle, E.J., Couloux, A., Rabarison, H., Randrianarivelojosia, M. and Kessler, P.J.
  « Phylogeny, evolutionary trends and classification of the Spathelia-Ptaeroxylon clade : morphological and molecular insights. »
  Annals of Botany, 2011, 107 : 1259-1277.

Argout, X., Salse, J., Aury, J.M., Guiltinan, M.J., Droc, G., Gouzy, J., Allegre, M., Chaparro, C., Legavre, T., Maximova, S.N. et al.
  « The genome of Theobroma cacao.  »
  Nature Genetics, 2011, 43 : 101-108.

Arumugam, M., Raes, J., Pelletier, E., Le Paslier, D., Yamada, T., Mende, D.R., Fernandes, G.R., Tap, J., Bruls, T., Batto, J.M. et al.
  « Enterotypes of the human gut microbiome. »
  Nature, 2011, 473 : 174-180.

Bellinzoni, M., Bastard, K., Perret, A., Zaparucha, A., Perchat, N., Vergne, C., Wagner, T., de Melo-Minardi, R.C., Artiguenave, F., Cohen, G.N. , Weissenbach J, Salanoubat M., Alzari P.
  « 3-Keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme : a common fold for an uncommon Claisen-type condensation. »
  Journal of Biological Chemistry, 2011(286) : 27399-405.

Bertin, P.N., Heinrich-Salmeron, A., Pelletier, E., Goulhen-Chollet, F., Arsene-Ploetze, F., Gallien, S., Lauga, B., Casiot, C., Calteau, A., Vallenet, D. et al.
  « Metabolic diversity among main microorganisms inside an arsenic-rich ecosystem revealed by meta- and proteo-genomics. »
  Isme Journal, 2011, Epub May 12.

Billard-Pomares, T., Tenaillon, O., Le Nagard, H., Rouy, Z., Cruveiller, S., Medigue, C., Arlet, G., Denamur, E. and Branger, C.
  « Complete Nucleotide Sequence of Plasmid pTN48, Encoding the CTX-M-14 Extended-Spectrum beta-Lactamase from an Escherichia coli O102-ST405 Strain. »
  Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2011, 55 : 1270-1273.

Bonnet, C., Grati, M., Marlin, S., Levilliers, J., Hardelin, J.P., Parodi, M., Niasme-Grare, M., Zelenika, D., Delepine, M., Feldmann, D. et al.
  « Complete exon sequencing of all known Usher syndrome genes greatly improves molecular diagnosis. »
  Orphanet Journal of Rare Diseases, 2011, 6 : 21.

Buyck, B., Cruaud, C., Couloux, A. and Hofstetter, V.
  «  Cantharellus texensis sp. nov. from Texas (USA), a southern look-alike of C. cinnabarinus revealed by tef-1 sequence data. »
  Mycologia, 2011, Epub May 10.

Chauveau, O., Eggers, L., Raquin, C., Silverio, A., Brown, S., Couloux, A., Cruaud, C., Kaltchuk-Santos, E., Yockteng, R., Souza-Chies, T.T. et al.
  « Evolution of oil-producing trichomes in Sisyrinchium (Iridaceae) : insights from the first comprehensive phylogenetic analysis of the genus. »
  Annals of Botany, 2011, 107 : 1287-1312.

Cheval, L., Pierrat, F., Dossat, C., Genete, M., Imbert-Teboul, M., Van Huyen, J.P.D., Poulain, J., Wincker, P., Weissenbach, J., Piquemal, D. et al.
  « Atlas of gene expression in the mouse kidney : new features of glomerular parietal cells. »
  Physiological Genomics, 2011, 43 : 161-173.

Darracq, A., Varre, J.S., Marechal-Drouard, L., Courseaux, A., Castric, V., Saumitou-Laprade, P., Oztas, S., Lenoble, P., Vacherie, B., Barbe, V. et al.
  « Structural and content diversity of mitochondrial genome in beet : a comparative genomic analysis. »
  Genome Biology and Evolution, 2011, Epub May 21.

Davis, E.E., Zhang, Q., Liu, Q., Diplas, B.H., Davey, L.M., Hartley, J., Stoetzel, C., Szymanska, K., Ramaswami, G., Logan, C.V. et al.
  «  TTC21B contributes both causal and modifying alleles across the ciliopathy spectrum. »
  Nature Genetics, 2011, 43 : 189-U128.

Dinkel, H., Chica, C., Via, A., Gould, C.M., Jensen, L.J., Gibson, T.J. and Diella, F.
  « Phospho.ELM : a database of phosphorylation sites-update 2011. »
  Nucleic Acids Research, 2011, 39 : D261-D267.

Engel, P., Salzburger, W., Liesch, M., Chang, C.C., Maruyama, S., Lanz, C., Calteau, A., Lajus, A., Medigue, C., Schuster, S.C., Dehio, C.
  « Parallel Evolution of a Type IV Secretion System in Radiating Lineages of the Host-Restricted Bacterial Pathogen Bartonella. »
  Plos Genetics, 2011, 7 : 1296-1296.

Fevre, C., Passet, V., Deletoile, A., Barbe, V., Frangeul, L., Almeida, A.S., Sansonetti, P., Tournebize, R. and Brisse, S.
  « PCR-Based Identification of Klebsiella pneumoniae subsp. rhinoscleromatis, the agent of Rhinoscleroma. »
  PLoS Neglected Tropical Diseases, 2011, 5(5) : e1052

Garsmeur, O., Charron, C., Bocs, S., Jouffe, V., Samain, S., Couloux, A., Droc, G., Zini, C., Glaszmann, J.C., Van Sluys, M.A., D’Hont, A. - « High homologous gene conservation despite extreme autopolyploid redundancy in sugarcane. »
  New Phytologist, 2011, 189 : 629-642.

Gladieux, P., Vercken, E., Fontaine, M.C., Hood, M.E., Jonot, O., Couloux, A. and Giraud, T.
  « Maintenance of Fungal Pathogen Species That Are Specialized to Different Hosts : Allopatric Divergence and Introgression through Secondary Contact. »
  Molecular Biology and Evolution, 2011, 28 : 459-471.

Hocher, V., Alloisio, N., Auguy, F., Fournier, P., Doumas, P., Pujic, P., Gherbi, H., Queiroux, C., Da Silva, C., Wincker, P. et al.
  « Transcriptomics of actinorhizal symbioses reveals homologs of the whole common symbiotic signaling cascade. »
  Plant Physiology, 2011, Epub Apr 4.

Jacquemin, J., Chaparro, C., Laudie, M., Berger, A., Gavory, F., Goicoechea, J.L., Wing, R. and Cooke, R.
  « Long-Range and targeted ectopic recombination between the two homeologous chromosomes 11 and 12 in Oryza species. »
  Molecular Biology and Evolution, 2011, Epub May 25.

Janko, K., Marshall, C., Musilova, Z., Houdt, J.V., Couloux, A., Cruaud, C. and Lecointre, G.
  « Multilocus analyses of an Antarctic fish species flock (Teleostei, Notothenioidei, Trematominae) : Phylogenetic approach and test of the early-radiation event. »
  Molecular Phylogenetics and Evolution, 2011, 60 : 305-316.

Keith, P., Lord, C., Lorion, J., Watanabe, S., Tsukamoto, K., Couloux, A. and Dettai, A.
  « Phylogeny and biogeography of Sicydiinae (Teleostei : Gobiidae) inferred from mitochondrial and nuclear genes. »
  Marine Biology, 2011, 158 : 311-326.

Kergoat, G.J., Le Ru, B.P., Genson, G., Cruaud, C., Couloux, A. and Delobel, A.
  « Phylogenetics, species boundaries and timing of resource tracking in a highly specialized group of seed beetles (Coleoptera : Chrysomelidae : Bruchinae). »
  Molecular Phylogenetics and Evolution, 2011, 59 : 746-760.

Koffi, K.G., Hardy, O.J., Doumenge, C., Cruaud, C. and Heuertz, M.
  « Diversity gradients and phylogeographic patterns in Santiria trimera (Burseraceae), a widespread African tree typical of mature rainforests. »
  American Journal of Botany, 2011, 98 : 254-264.

Le Roux, F., Labreuche, Y., Davis, B.M., Iqbal, N., Mangenot, S., Goarant, C., Mazel, D. and Waldor, M.K.
  « Virulence of an emerging pathogenic lineage of Vibrio nigripulchritudo is dependent on two plasmids. »
  Environmental Microbiology, 2011, 13 : 296-306.

Malausa, T., Fenis, A., Warot, S., Germain, J.F., Ris, N., Prado, E., Botton, M., Vanlerberghe-Masutti, F., Sforza, R., Cruaud, C. et al.
  « DNA markers to disentangle complexes of cryptic taxa in mealybugs (Hemiptera : Pseudococcidae). »
  Journal of Applied Entomology, 2011, 135 : 142-155.

Mhedbi-Hajri, N., Darrasse, A., Pigne, S., Durand, K., Fouteau, S., Barbe, V., Manceau, C., Lemaire, C. and Jacques, M.A.
  « Sensing and adhesion are adaptive functions in the plant pathogenic xanthomonads. »
  Bmc Evolutionary Biology, 2011, 11 : 67.

Modica, M.V., Bouchet, P., Cruaud, C., Utge, J. and Oliverio, M.
  « Molecular phylogeny of the nutmeg shells (Neogastropoda, Cancellariidae). »
  Molecular Phylogenetics and Evolution, 2011, 59 : 685-697.

Monniot, F., Dettai, A., Eleaume, M., Cruaud, C. and Ameziane, N.
  « Antarctic Ascidians (Tunicata) of the French-Australian survey CEAMARC in Terre Adelie. »
  Zootaxa, 2011, 2817 : 1-54.

Monot, M., Boursaux-Eude, C., Thibonnier, M., Vallenet, D., Moszer, I., Medigue, C., Martin-Verstraete, I. and Dupuy, B.
  « Re-annotation of the genome sequence of Clostridium difficile strain 630. »
  Journal of Medical Microbiology, Epub 2011 Feb 24.

Ortet, P., Barakat, M., Lalaouna, D., Fochesato, S., Barbe, V., Vacherie, B., Santaella, C., Heulin, T. and Achouak, W.
  « Complete Genome Sequence of a beneficial plant root-associated bacterium Pseudomonas brassicacearum. »
  Journal of Bacteriology, Epub 2011 Apr 22.

Perret, A., Lechaplais, C., Tricot, S., Perchat, N., Vergne, C., Pelle, C., Bastard, K., Kreimeyer, A., Vallenet, D., Zaparucha, A., Weissenbach J., Salanoubat M.
  « A novel acyl-CoA beta-transaminase characterized from a metagenome. »
  PLoS One, 2011, 6 : e22918.

Rouxel, T., Grandaubert, J., Hane, J.K., Hoede, C., van de Wouw, A.P., Couloux, A., Dominguez, V., Anthouard, V., Bally, P., Bourras, S. et al.
  « Effector diversification within compartments of the Leptosphaeria maculans genome affected by Repeat-Induced Point mutations. »
  Nature Communications, 2011, 2 : 202.

Sand, M., de Berardinis, V., Mingote, A., Santos, H., Gottig, S., Muller, V. and Averhoff, B.
  « Salt adaptation in Acinetobacter baylyi : identification and characterization of a secondary glycine betaine transporter. »
  Archives in Microbiology, 2011, 193 : 723-30.

Stein, L.Y., Bringel, F., DiSpirito, A.A., Han, S., Jetten, M.S.M., Kalyuzhnaya, M.G., Kits, K.D., Klotz, M.G., den Camp, H., Semrau, J.D. et al.
  « Genome Sequence of the Methanotrophic Alphaproteobacterium Methylocystis sp Strain Rockwell (ATCC 49242). »
  Journal of Bacteriology, 2011, 193 : 2668-2669.

Thiaucourt, F., Manso-Silvan, L., Salah, W., Barbe, V., Vacherie, B., Jacob, D., Breton, M., Dupuy, V., Lomenech, A.M., Blanchard, A. et al.
  « Mycoplasma mycoides, from »mycoides Small Colony« to »capri« . A microevolutionary perspective. »
  Bmc Genomics, 2011, 12 : 114.

Vieira, G., Sabarly, V., Bourguignon, P.Y., Durot, M., Le Fevre, F., Mornico, D., Vallenet, D., Bouvet, O., Denamur, E., Schachter, V. et al.
  « Core and Panmetabolism in Escherichia coli. »
  Journal of Bacteriology, 2011, 193 : 1461-1472.

Zaparucha, A., de Berardinis, V. and Weissenbach, J.
  « Biocatalyse, bioconversion et biotechnologie blanche »Des outils du vivant pour la chimie« . »
  l’actualité chimique, 2011, juin-juillet-août, n° 353-354.